Réponse:   Bonjour, 

La création automatique des acomptes ne se fait qu'à partir des devis dans notre système car c'est une fonction assez complexe qui permet:
- d'afficher sur l'aperçu du devis document qu'il y a un ou des acomptes liés, et vice versa
- de lier automatiquement l'acompte au devis et le devis à la facture de solde
- de sélectionner ou dé-sélectionner manuellement un ou ou plusieurs acomptes à la facture de solde (et donc lier ou désunir manuellement)
Il n'est donc pas possible de l'appliquer à un autre document que le devis. Mais vous avez deux solutions: 
solution 1:
vous générez le devis depuis le bon de commande (en utilisant "Créer document similaire" et en choisissant "devis" comme type de document) et ensuite vous générez de manière classique votre facture d'acompte depuis le devis (le devis sert de référence) : http://aide.vosfactures.fr/456996-Facture-d-acompte-et-facture-de-solde​
solution 2:
vous ne souhaitez pas passer par la création d'un devis. Dans ce cas-là vous ne pouvez pas passer par la création automatique d'acompte: vous créez donc votre facture d'acompte manuellement. Et lorsque vous générerez la facture de solde, vous la créerez manuellement depuis le bon de commande (et non depuis l'acompte) en utilisant "Créer document similaire" ou "Créer la facture" en changeant le type de document par "facture de solde" (le bon de commande sert ainsi de référence) et vous cocherez depuis le formulaire de création de la facture de solde le ou les acomptes à prendre en compte.

Bien cordialement.