Bonjour,

Vous pouvez changez le statut de la facture en payé en partie pour indiqué le montant réglé en addition à chaque fois que vous recevez un acompte. 

Mais la meilleur solution reste de faire une facture d'acompte depuis le devis puis le solde.

Vous pouvez facilement créer un ou plusieurs acomptes depuis un devis comme expliqué ici . Pour solder, il suffira de cliquer depuis un des acomptes et cliquer sur le bouton créer la facture de solde. 
Egalement notez que vous pouvez opter pour une numérotation continue entre les acomptes et les factures comme expliqué là.  

N'hésitez pas à me recontacter si besoin est.